13世紀，成吉思汗西征，版圖劃至西域的伊斯蘭教國家和地區。中西之間的陸上絲綢之路，隨著蒙古鐵騎的自由馳騁而暢通無阻。西域各國的穆斯林沿著這條大開的交通線，隨著蒙古軍隊大量涌入中國。他們給中國帶來了清真飲食文化，帶來了中西文化與經濟的交流，帶來了有益于中國社會進步的民族成份和民族融合。
　　《明史?西域傳》說：“元時回回遍天下”。周密《癸辛雜記》也說：“今回回皆以中原為家，江南為多。”元代在中國的穆斯林人數據估計約有百萬人以上，遍布全國城鄉，逐漸形成了“大分散，小集中”的地域分布特點。東南沿海城市的穆斯林蕃客，被稱為“回回蕃客”，其經濟實力與社會地位有了發展與提高。以“民夷雜處”著稱的泉州，在當地的“回回蕃客”中，又不斷增加了前來定居的阿拉伯和波斯的穆斯林商人。廣州的阿拉伯商人也很多，使宋代穆斯林聚居的“蕃坊”更趨繁華。其它東南沿海有“回回蕃客”留居的城市，也都出現了穆斯林人數擴大的現象。另外，還有很多外族人歸信了伊斯蘭教。元代的回回人仍以經商著稱，但已開始步入農業經濟，逐漸與中國社會相融合。穆斯林的大規模入華和伊斯蘭教在全國范圍的傳播，直接推動了中國清真餐飲業和清真飲食文化的發展。
　　元朝政權對穆斯林的基本政策是“恩威相濟”、“兼容并蓄”，這種比較寬容和態度，對清真飲食業的發展從客觀環境上創造了有利的氣氛。但是最高統治者有時也通過行政命令，干預穆斯林的飲食習俗，而這種行政干預又束縛了經濟的發展與繁榮。據《多桑蒙古史》載：成吉思汗要求臣民，“其殺所食之動物，必須縛其四肢，破胸，入手緊握其心臟；如仿穆斯林殺牲者，則應如法殺其人。”《元史》也載：元世祖至元十六年（1279年）十二月，“回回等所過供食，羊非自殺者不食，百姓苦之。帝曰：‘彼吾奴也，飲食敢不隨我朝乎？’詔禁之。”有一次，一些穆斯林商人向忽必烈進貢了一只白腳紅喙的隼和一只白鷲，忽必烈賜宴時，把自己桌上的食物賜給他們，他們不吃，忽必烈問為什么，他們說：“這種食物是我們所禁忌的。”忽必烈生了氣，就命令穆斯林和基督教徒，今后不得以斷喉法宰羊，而要按蒙古人的習俗，用剖堂法殺羊。若再有人用斷喉法宰羊，就也用其法將他殺死，并將其妻子、兒女和房產給予告發者。這項干預令頒布后，很多穆斯林商人都走了，穆斯林國家的商人也不來了，致使關稅銳減。7年后飽嘗苦果的朝廷才不得不取消了這項不得人心的干預令。（見《史集》第2卷346―347頁，商務印書館1985年版。）
　　元代的清真飲食不僅形成了一定的規模，而且很多清真菜肴小吃還進入了宮廷。仁宗延礻右年間（公元1214―1321年），有個負責皇帝營養飲食的“飲膳太醫”，名忽思慧，撰寫了一部《飲膳正要》，此書共分三卷，其中從皇帝所用的珍饈異饌至民間的日常蔬食淡飯，均有所述。第一卷主要是菜肴和小吃部分，收錄很多牛羊肉菜品，其中已考證出的清真食品近10種。“禿禿麻食”是一款流傳至今的著名古典清真名吃。原文載：“白面六斤，作禿禿麻食；羊肉一腳子炒焦肉乞馬。右件，用好肉湯下炒，蔥調和勻，下蒜酪、香菜末。”從簡單的行文看，和我們今天所吃的麻食大致相同，只是其吃法相似于今天新疆的拌面。注意，我說的只是吃法像拌面，但絕不是拌面，其工藝還是麻食的做法。還有“河西肺”也很馳名，做法是：“羊肺一個；韭六斤，取汁；面二斤，打糊；酥油半斤；胡椒二兩；生姜二合。右件，用鹽調和勻，灌肺煮熟。用汁澆食之。”河西，在元代指寧夏、甘肅一帶，當時為回回聚集的地區。由此可見，河西肺是由河西的回回帶到京城，而又傳入宮廷的。我們從今天西北一帶穆斯林烹制牛羊肉的粗獷風格看，似乎還有“河西肺”的影子。《飲膳正要》還有很多肴饌，盡管未注明是回回食品，但從其工藝和用料看，和今天的一些清真食品有異曲同工之妙。例如“肉餅兒”，可以認為是今天羊肉餅的前身，“精羊肉十斤，去脂膜、筋，捶為泥；哈昔泥三錢；胡椒二兩；蓽撥一兩；芫荽末一兩。右件，用鹽調和勻，捻餅，入小油炸。”還有“雜羹”，和今天羊雜羔肉的作法基本一樣。其實，今天所說“雜羔”，就是古代“雜羹”的音變。“羹”字從羔，從美。古人的主要肉食是羊肉，所以用“羔”、“羹”會意，表示肉的味道鮮美。至于“羹”表示湯的意思，則是以后的事。
　　到元末明初，清真飲食已在社會、家庭大量普及。這時候社會上流傳著一本《居家必用事類全集》，類似于現在的生活百科大全。全書共十集，內容豐富。其中己集、庚集均為“飲食類”。特別值得重視的是，書中專門列有“回回食品”一章，收錄了“設克兒疋剌、卷煎餅、糕糜、酸湯、禿禿麻食、八耳塔、哈爾尾、古剌赤、海螺廝、即你疋牙、哈里撒、河西肺”等12個菜點品種。
　　明代是我國清真飲食發展的重要時期。由于輔佐朱元璋打天下的有很多穆斯林高級將領，故民間有“十大回回保國”傳說。穆斯林貢獻于明室者不止武功。七下西洋的鄭和及其隨員馬歡、費信、哈三，介紹伊斯蘭天文學的馬德魯丁及其子馬沙亦黑、馬哈麻等，均系穆斯林。穆斯林有功于明室如此之大，故明室對穆斯林的信仰亦予以一定的尊重，藉以維系服務于明室的穆斯林臣眾的感情，同時在賦稅、安全、住宿、貿易等方面給中外穆斯林使臣商隊提供優惠待遇，包括照顧他們的特殊生活習俗。明代穆斯林商人分布區域廣泛，接觸民族眾多，又多數聚居在水陸交通沿線和城鎮附近，因此在民族經濟交流中扮演著重要的角色。他們經營的仍是傳統的手工業品，如清真飲食、制藥、制香和制革等。京城的一些穆斯林還從事牛羊屠宰業，僅宣武門外，以宰牛為業的穆斯林就達上萬人之多。充足的牛羊肉貨源，為豐富清真飲食市場提供了保證。
　　明代王室還非常重視清真飲食。伊斯蘭教自唐朝傳入中國以來，清真飲食就受到歷代王室的喜愛，但皇宮內專設清真御膳房，則只有明代一朝。張志華教授曾撰文考證，認為朱元璋及王后均系穆斯林。《明史》所載后宮所建的“豹房新寺”，實際是一座清真寺。阿里?阿克巴爾在《中國紀行》里談到明王室的清真御膳房時說：“冬來慶祝新年時，百官入宮朝賀……各國使節亦須入宮朝賀，來朝使節均被留宴。供應伊斯蘭國家使節之御膳，由清真御膳房供應之；其它使節則由非清真御膳房供應之。”很多民間穆斯林廚師也被請入宮主廚。在北京牛街已世代居住了七八代的穆斯林老人梁德山師傅，世業執廚，上溯其祖于明永樂時，因善治膳，得到朱棣的嘉獎，賜號“大順堂梁”。這是民間清真菜進入明代宮廷之佐證。
　　另外，明代時，全國各地穆斯林烹制的清真飲食已很有名。徐霞客到云南旅游時，品嘗過穆斯林馬云容在家里制作的牛羊雜碎，使吃遍華夏的他由衷地贊美道：“肴多烹牛雜羊雜，割脯而出，甚清潔。”這里還特意提到了清真飲食“甚清潔”，說明清真飲食的清潔給徐霞客留下了美好的印象。