肇慶城東清真寺在端州區(qū)水師營路。根據寺內所存的“乾隆重修清真寺碑記”記載，該寺“創(chuàng)自唐宋”，但另有一說始建于明代，清康熙、乾隆、道光年間曾多次修葺、擴建。寺內寬闊，今僅存禮拜殿，殿內不設偶像，空無一物，體現(xiàn)出伊斯蘭教的特色。據寺碑記載，清真寺數(shù)次重修，乃伊斯蘭教入粵在肇慶留下的寶貴歷史文化遺產，1984年被列為肇慶市文物保護單位。

城東清真寺與肇慶當?shù)氐慕逃⑾⑾嚓P。1946年，楊茂林阿訇在寺內開設經堂，次年在眾長老倡議、資助下，在原學經班基礎上創(chuàng)辦肇慶私立清真小學。1949年以后，清真小學轉為公立。

20世紀80年代后期，端州區(qū)人民政府落實民族宗教政策，將大殿以南1684平方米用地歸還清真寺，并撥款將大殿改為鋼筋混凝結構。

不過，城東清真寺真正投入使用是在2006年，肇慶市伊斯蘭教協(xié)會耗資人民幣60萬余元，重建了阿訇住房、經堂、會議室、沐浴室、衛(wèi)生間等，清真古寺投入使用。

名字雖然相近，但肇慶城西清真寺的建造要晚。史料記載，城西清真寺始建于清乾隆三十二年(1767年)，由劉士芳率穆斯林15人于肇慶西門購地創(chuàng)寺，初僅有禮拜殿。眾穆斯林擁戴劉公為首任伊碼目，道光十一年(1831年)有較大規(guī)模擴建。

1980年楊開枝阿訇任教長兼肇慶伊協(xié)會長，開始共商重建西寺。楊阿訇與香港穆斯林有一定聯(lián)系，曾得香港各界穆斯林教胞大力捐資，遂于1983年3月動土建寺，1984年9月落成。新寺由回族工程師保俊文按阿拉伯式與我國傳統(tǒng)建筑風格相結合設計，易磚木結構為鋼筋混凝土結構。其中，禮拜大殿為阿拉伯式，建筑面積360平方米，裝飾素樸典雅，莊嚴肅穆，四周回廊所用柱子均為石柱，殿門頂有“主思常念”匾，兩邊描聯(lián)為:“何須色相昭彰，去拜中嚴然如在；莫道典型迂遠，冊卷內自有真?zhèn)鳌?rdquo;